Pada tahun 1795, beliau membuka sebuah syarikat perkhdimatan perundangan di Bandar Raya New York. Beliau cuba mengendalikan polisi-polisi pemerintahan John Adams ketika beliau menjadi Presiden antara 1797 dan 1801). Pada tahun 1798 dan 1799, Hamilton menuntut suatu pasukan tentera diwujudkan untuk melawan Perancis berikutan berlaku Skandal XYZ serta diangkat sebagai komandan pasukan baru yang ia persiapkan untuk berperang. Namun begitu, Perang Kuasi yang meletus dari skandal ini tidak diumumkan secara resmi malah sama sekali tidak melibatkan angkatan tentera darat. Presiden Adams akhirnya mengusulkan diplomasi untuk menghindari perang besar melawan Perancis.

Penolakan Hamilton terhadap pencalonan kembali Adams menyebabkan beliau kalah dalam pilihan raya Presiden tahun 1800. Ketika Jefferson dan Aaron Burr memiliki jumlah wakil elektoral yang sama pada tahun 1801, Hamilton membantu Jefferson mengalahkan Burr yang dianggap sebagai seorang tidak berprinsip dan memilih Jefferson meski berbeda pandangan. Hamilton meneruskan kerjaya perundangan dan perdagangannya di Bandar Raya New York City, tetapi jatuh mukanya dalam kalangan anggota Parti Federalis. Setelah pilihan raya gabenor New York di mana Burr dikalahkan Morgan Lewis, akhbar Albany Register menerbitkan beberapa surat ditulis Charles D. Cooper yang mendakwa Hamilton kononnya membuat cemuhan - yakni meluahkan "perasaan yang sangat tidak senang" - terhadap Burr dalam suatu majlis makan malam di New York.[23][24] Burr merasa tercabar dengan kenyataan ini lalu mendesak Hamilton menulis surat memohon maaf. Hamilton enggan melakukan demikian kerana merasakan diri tiada melakukan perkara yang didakwa Cooper, malah menyangka akan dituduh berat sebagai seorang yang penakut terhadap Cooper.[25]:423–24 Setelah kedua-dua mereka gagal berdamai, mereka memutuskan beradu tembak pada 27 Jun 1804.[25]:426

Lawan tembak ini dilangsungkan pada 11 Julai 1804 di tebing barat Sungai Hudson di Weehawken, New Jersey.[26] Burr menembak ke arah Hamilton dahulu lalu mengena abdomen bawah Hamilton;[25]:429[27] Hamilton pula cuba menembak balik tetapi tersungkur,[28] peluru Hamilton mengenai sebatang dahan kayu di atas kepala Burr.[29] Hamilton dibawa kembali ke Greenwich Village di rumah milik sahabatnya, William Bayard Jr. (kini terletak sekitar 80–82 Jane Street); beliau meninggal dunia akibat luka yang dialami pada jam 2 petang keesokan harinya.[30][31] Mayat Hamilton disemadikan di Tanah Perkuburan Gereja Trinity, Manhattan.[32] Gouverneur Morris membantu secara rahsia mengumpul duit untuk menampung janda dan anak-anak Hamilton.[33]